對于一些有著特殊生理情況的寶寶來說，普通的嬰兒配方奶是不能滿足他們的需要的，也就是說，特殊的嬰兒需要特殊的嬰兒配方奶。這些嬰兒配方奶需要經過特別加工處理，食用前，還需請教專業的醫師、營養師，不可隨意食用。
特殊嬰兒配方奶依其特性又可分為：
² 不含乳糖之嬰兒配方奶：適用于對乳糖無法耐受的嬰兒。按其原料來源不同可分為以牛乳為基礎的無乳糖嬰兒配方奶和以黃豆為基礎的無乳糖嬰兒配方奶。
² 部份水解奶粉：適用于較輕度的腹瀉或過敏的嬰兒。
² 完全水解奶粉：適用于嚴重的腹瀉、過敏或短腸癥候群之嬰兒。
² 元素配方奶粉：適用于最嚴重的慢性腹瀉、過敏或短腸癥候群之嬰兒。
² 早產兒配方奶：主要成份（如乳糖改為葡萄糖聚合物，中鏈脂肪酸取代部分長鏈脂肪酸）已經修正為適合早產兒使用。
² 苯丙酮尿癥嬰兒奶粉：適用于患有苯丙酮尿癥的嬰兒奶粉。