綠色食品的范圍涵蓋有機食品，但有機食品不同于綠色食品，它們之間最主要的區別有：
² 生產、加工所依據的標準不同。綠色食品是根據我國綠色食品生產、加工標準而進行生產、加工的。而有機食品是根據國際有機農業運動聯合會（簡稱IFOAM）制定的有機食品生產加工標準進行生產加工的，具有國際性。
² 我國綠色食品生產過程中可以允許使用高效低毒農藥，也允許使用化學肥料。而有機食品的生產過程中禁止使用人工合成的農藥、化肥和除草劑等，只能使用有機肥、生物農藥和物理防治病蟲害。
² 管理方法上的差異。頒證的組織機構、頒證的有效期、頒證和產量之間的關系上有所不同。