食用菌栽培是一系列復雜操作的工作程序，包括種菇選擇、母種選育與保存、菌種制備、出菇管理及市場銷售等，每個程序都有至關重要的細節操作。但育種是這些工作中首要的一項工作，沒有優良的菌種，不管其他工作程序準備及管理得多么好，都會造成減產或失敗。
（一）自然選育
自然選育是最古老、最簡便、應用最廣的選種方法。它是先分離和收集各地的有關菌株，然后通過生產試驗比較各菌株的生產性能，選留最優者。
涇陽真菌研究所為提高靈芝產量，先后從全國各地引進21個菌株，進行系統的栽培比較，特別是對各菌株的菌絲生長速度，對環境的抵抗力，出菇早晚，產量高低，菇形大小，香味濃淡，苦味程度等各方面進行了詳細的評比，最后評選出"赤芝丁'等優良品種。
只要我們經常注意菌種的選育，不斷淘汰劣等菌株，選留優秀菌株，就能使生產豐收，質量穩定。
（二）誘變有種
誘變育種能大幅度地增加菌種的變異量，從而人們能從誘變后的群體中篩選優良菌株。常采用物理、化學等誘變劑來動搖菌種的遺傳性，直接或間接地作用于核酸物質，能強烈地引起菌種的變異。誘變育種的誘變劑很多，常用的有紫外線、X光線、Y射線及硫酸二乙酯（DFS）、5-溴尿嘧啶（5－BU）、氮芥（Nm）、N'廣甲基N'亞硝基胍（NTG）等。
誘變育種方法有三個步驟：一是準備孢子懸浮液，將新鮮的食用菌無菌孢子移入5毫升無菌生理鹽水或磷酸緩沖液中，搖勻后即成孢子懸浮液。孢子懸浮液的濃度以每毫升含孢子106～109個為宜。二是誘變處理，用誘變劑處理如紫外線處理，誘變處理應在暗箱內進行，箱內裝15瓦紫外燈1支，懸掛于30厘米高處，誘變處理時應先開燈20分鐘，使波長穩定，然后將相于懸浮液倒入直徑為6厘米的無菌培養皿中，打開皿蓋，照射0.5～1分鐘。照射后的孢子懸浮液每毫升所含的活孢子數約在105～108個。因此要得到單個菌落，必需先用無菌水將照射后的孢子懸浮液稀釋1000～10萬倍。然后取釋釋液0.2毫升涂布于裝有瓊脂培養基的培養皿上，在25℃下培養5～10天，這時就能在每個平板上得到數十個單菌落。選純正、健壯的單個菌落移入斜面試管內，供進一步測定篩選。三是挑菌篩選，誘變處理只是擴大了它的變異范圍，并不能決定變異的方向，所以誘變最大的困難是篩選，只有在大量的、各種各樣的變異中，才能篩選到符合需要的變異個體。這樣就需將誘變后的孢子經培 養長出菌落后應及時挑菌，選發育健全的單個菌落移入斜面試管內，一個菌落只接一支斜面，待外面長好后，再分別接 入2～4瓶原種中，然后進行栽培試驗，反復比較各菌落的生產性能，擇優留取。
（三）雜交育種
雜交育種是培育菌種的有效手段。誘變育種主要是通過改變核酸分子而引起變異，而雜交則是通過2個或幾個親株的染色體片段的交換或重行組合而獲得新性狀的。進行雜交時，親代必需有標記。凡同宗接合的食用菌，可用營養缺陷型來標記。營養缺陷型是指在營養特征上表現某種缺陷的變異菌株。它在不含氨基酸、維生素等有機物的基本培養基上不能生長。我們可以把2個不同品種的營養缺陷型混合接種在基本培養基上，如果它們能生長，即就意味著它們可能進行了雜交。對于異宗接合的食用菌，可以利用菌絲的性別來 進行雜交，取來自兩種不同品系的單孢子分離物混合接種在一起，經培養后，凡出現雙核菌絲的組合，并能正常結實，就證明能雜交。通過雜交親代的選擇，就能得到融合親代優點而除去親代缺點的優良菌種；使生產水平大幅度地提高。