優良的菌種，如保管不好，就會發生生活力減弱，雜菌污染等情況。因此，如何能長期保持菌種優良的特性，不致衰老和斷種，是很重要的工作。
菌種保存的方法很多，其原理都是采用干燥、低溫、冷凍或減少氧氣供給等方法以中止其繁殖，降低其代謝強度，使之處于休眠假死狀態。常用以下幾種：
（一）斜面低溫保藏法
菌種在適宜的斜面培養基上培養成熟后，移入4℃～ 6℃的低溫下保藏，以后每隔2～3個月轉一次。這種方法適用一般食用菌。如果沒有條件，無冰箱，可把保藏用的斜面菌種換上無菌橡皮塞，并用蠟燭封后置于密閉的廣口瓶中，懸入井底保藏。
應該注意，草菇對低溫的忍耐度較差，它的菌絲體在 5℃以下即易死亡，因此草菇菌種的貯藏溫度需提高至10℃—12℃，或在草菇菌苔上灌注3～4毫升的防凍劑--10％甘油，這樣就可保存了。
（二）液體石蠟保藏
外面試管的培養基菌絲豐滿后，在無菌箱內，按無菌操作方法將滅過菌的液體石蠟，用無菌吸管注入其內，注入量高出斜面1厘米為宜。然后在棉塞外包上塑料紙，直立放入冰箱和室內干燥處，一般可存1年左右。
液體石蠟保藏原理，可使菌種與外界空氣隔絕，使菌種新陳代謝活動大為下降，可防菌種老化。
（三）冷凍干燥保藏法
這種方法采用真空、干燥、低溫等手段，使菌種新陳代謝活動處于相對靜止狀態，在低溫下快速冷凍，又在低溫下真空干燥，而使菌細胞的結構與成分保持原來狀態而保存菌種。
還有沙土保存法、液氮超低溫保藏法、濾紙片保存法、菌絲球生理鹽水保藏法、麥粒保藏法、干孢子真空保藏法等。這里不一一介紹。要根據自己的工作需要及具體條件而定。一邊保存，一邊還要分離，復壯，做好選育工作，延續菌種的憂良性能。