一般人們認為ISO9000與HACCP是不同的,但實際上兩者有許多共同之處,共同點在于:
——均需要全體員工參與
——兩者均結構嚴謹,重點明確
——目的均是使消費者(用戶)信任
不同點在于：
——HACCP是食品安全控制統
——ISO9000是適用于所有工業整體質量控制體系
——ISO9000是企業質量保證體系；而HACCP源于企業內部對某一產品安全性控制要求的體系,HACCP其原理為危害預防，而非針對最終產品檢驗,一般被較大型食品企業采用,一般企業也采用相近的控制系統生產高品質產品。
HACCP是用于分析和測定關鍵控制點的一項專門技術,它不是一個死板的體系,必需根據產品的生產加工及設備等因素相應制定。
HACCP是一個動態的、詳細的體系，不是一個紙面上的東西。HACCP需要與其它質量管理措施及衛生規范的支持，如供應商質量保證，統計質量控制及良好實驗室操作規范等。這些均與ISO9000原理相連，使企業向全面質量管理方面發展。
目前，在我國范圍內比較廣、影響比較大的涉及食品質量安全的概念主要有綠色食品、無公害食品（無公害農產品）和有機食品。這三者相互關聯、又存在差別。下面從歷史背景、法律及標推、組織和運行、市場定位及格局四個方面對比分析，概括總結三者之間的關系。
食品質量安全工作得到了黨中央和國務院的高度重視，2001年11月中央經濟工作會議上提出了“要把食品質量、衛生和安全工作放到十分突出的位置，大力發展綠色食品、無公害食品和有機食品”的要求，2002年7月國務院召開的全國“菜籃子”工作會議廣，明確提出當前和今后一個時期，“菜籃子”工作的主要任務，是要以提高質量、衛生水平為核心，以保障長期穩定供給為目標，努力實現由注重數量、保證供給向更加注重質量、保證衛生和安全轉變，由注重階段性供求平衡，向建立長期穩定供給機制轉變，實現從裝滿“菜籃子”向豐富、凈化“菜籃子”的轉變。農業部形成了無公害食品、綠色食品和有機食品三位一體、整體推進的工作體系和發展格局，推動了農產品質量安全認證和管理工作的全面開展。