近幾午，我國主要農產品（包括糧、果、菜、肉、蛋、奶等）均有農藥、重金屬和亞硝酸鹽等有害物質殘留污染超標現象。這種現象不僅增加農業生產成本、降低農業生產效益、嚴重污染和破壞生態環境，而且嚴重損害了消費者的合法權益、威脅消費者的生命安全，以至干嚴重損害了我國農產品的國際信譽，直接影響我國優勢農產品的出口貿易，制約著外向型農業的發展。
對此，中國政府就濫施農藥和化肥污染主要農產品、危害人民健康和影響農產品出口等問題給予了高度的重視。《中共中央、國務院關于做好2001年農業和農村經濟工作的意見》中明確提出，要大力推進無公害農產品生產安全體系建設；特別是2000年12月11日，溫家寶副總理在“治理‘菜籃子’污染刻不容緩”信息上明確批示，要求采取多種措施，積極發展無公害農業，防止農產品污染。
近幾年，對農產品污染的調查表明、我國農產品化學污染超標率已相當高、且分布普遍。我國農業環保系統及一些地方政府開始推行安全食用農產品、無公害農產品、無污染農產品或生態食品等認證。
在這種背景下，農業部于2001年啟動了“無公言食品行動計劃”，旨在解決人民群眾關心的食品安全問題、并在北京、天津、上海三個直轄市和深圳市先行試點。該計劃以全面提高農產品質量安全水平為核心，以“菜籃子”產品為突破口，以市場準入為切入點，從產地和市場兩個環節入手，通過對農產品實行“從農田到餐桌”全過程質量安全控制，防止污染物進入食物鏈危害人體健康。
廣義地說無公害食品應該包括綠色食品和有機食品。狹義的無公害食品指經過有關部門認證，滿足人們日常食用安全的農產品，不包括綠色食品和有機食品。無公害食品或無公害農產品的說法初步被社會認同，無公害食品實際上就是無公害農產品，包括各省市根據自身實際內政府推動所發展起來的“安全食用農產品”、“放心菜”、“放心肉”、“無污染農產品”等。到2002年底，全國已有28個省（區、市）政府發行了《無公害農產品管理辦法》或相關法規。
為統一今國無公害農產品標志、無公害農產品產地認定及產品認證程序，農業部和國家認證認可監督管理委員會2002年4月29日聯合發布第12號令——《無公害農產品管理辦法》，國家認證認可監督管理委員會2002年11月25日以公告形式發布了《無公害農產品標志管理辦法》。根據《無公害農產品管理辦法》和《無公害農產品標志管理辦法》，農業部和國家認證認可監督管理委員會共同制定了《無公害農產品產地認定程序》和《無公害農產品認證程序》，2003年4月7日發布執行。
農業部于2003年4月正式推出了無公害農產品國家認證。實施無公害農產品認證的產品范圍出農業部、國家認證認可監督管理委員會共同確定、調整。無公害農產品是人們對食品安全最基本的需要，是最基本的市場準人條件。國家適時推行強制性無公害農產品認證制度。農業部農產品質量安全中心具體負責全國無公害農產品認證工作。無公害農產品的特點是產品標準以食品衛生標準為基礎，通過控制農業禁用品的使用，使生產出的農產品達到基本安全性要求。
無公害食品標準主要包括尤公害食品行業標準和農產品安全質量國家標準，兩者同時頒布。無公害食品標準由農業部制定，是無公害食品認證的主要依據；農產品質量安全國家標準出國家質量監督檢驗檢疫總局制定。無公害農產品行業標準主要參考綠色食品標準的框架而制定，它以全程質量控制為核心，主要包括產地環境質量標準、生產技術標準和產品質量標準三個方面。2001年農業部制定發布了73項無公害農產品標準，2002年農業部又制定了126項、修訂了11項無公害農產品標準。標準涉及70個農產品品種，大多數為蔬菜水果、茶葉、肉、蛋、奶、魚等關系城鄉居民日常生活的“菜籃子”產品。