管理體系明確規定了實驗室內部各要素運行的基本規則，揭示了實驗室管理運行的內在規律，是實驗室建立秩序和穩定運行的基礎，按照管理體系規范運行，實驗室可塑造機構公信力和影響力，樹立良好的品牌形象，提升自身適應市場的能力，形成別人無法復制的核心競爭力。但在管理體系運行實踐中，有些實驗室存在三個誤區，需要保持清醒認識并予以克服。

一是管理體系規范運行是整個實驗室經營管理的一部分，不是經營管理的全部。管理體系規范運行目的是確保檢驗檢測活動的質量，是經營管理的基礎，并不能夠直接促成機構自然而然的成長與發展。機構要想實現成長與發展，仍需要做好市場營銷、打造管理和技術隊伍、良好的決策和適宜的企業文化，還在于經營管理，不能用管理體系運行代替經營管理。按管理體系規范運行不一定能夠獲得成功，但沒有管理體系的規范運行成功的可能性幾乎為零。一個有遠見有追求有定力的實驗室，應是建立在管理體系規范運行基礎上的良好的經營管理。

二是實驗室建立了管理體系，但需要管理層持續推動其實施和保持。按照管理體系運行，可實現實驗室制度化和標準化管理。但再好的管理體系也不會自動去運行，需要實驗室管理層帶領所有員工予以實施與保持，管理體系文件有了，還需要采取有效的管理和控制手段，不斷糾正運行中的問題，使大家能夠自覺按管理體系工作，不能忽視了管理層該做的管理和控制工作。實施管理體系是一個持續改進的過程，需要數年的打磨才能逐步穩定成熟。管理體系文件是編寫出來的，但管理體系運行必然是摔打出來的。

三是實施和保持管理體系需要人力、物力和信息的持續投入。管理體系運行能力的保持是實驗室管理運行中的一個難點，管理體系運行并不是一次性投入就可萬事大吉，由于實驗室內外部因素的變化、工作量和工作類型的變化等影響，會導致管理體系運行有效性下降，有時會因為一個關鍵崗位人員的流失導致管理運行要素較大面積的失效。實驗室要保持穩定的運行，需要持續投入相應的資源，不僅需要硬件方面的投入，也需要軟件方面的投入；不僅需要技術方面的投入，同樣需要管理方面的投入。投入的程度應使本機構始終保持管理和技術的平衡性和協調性，確保管理體系運行要素的完整性。