目前國內外魚粉的加工方法多根據魚脂肪含量的多少進行加工，分為“高脂魚”和“低脂魚”2種加工工藝。
①高脂魚的加工工藝
是對脂肪含量較高的魚粉先進行脫脂然后再干燥制粉的加工過程。首先，用蒸煮或干熱風加熱的方法，使魚體組織蛋白質發生熱變性而凝固，促使體脂分離溶出。然后對固形物進行螺旋壓榨法壓榨，固體部分烘干制魚粉。干燥的方法分為干熱風和蒸汽法2種。前者吹入干熱風的溫度因熱源形式不同，可從100～400℃不等；后者使用蒸汽間接加熱，雖然干燥速度慢，但魚粉質量好。整魚經過去油、去浸汁、干燥、粉碎后的產品，蛋白質含量在50%～60%不等。榨出的汁液經酸化、噴霧干燥或加熱濃縮成魚膏（fishsoluble）。魚膏的原料還可以用魚類內臟，經加酶水解、離心分離、去油，再將水解液濃縮制成魚膏；制成后的魚膏可直接桶裝出售，也可用淀粉或糠麩做為吸附劑再經干燥、粉碎后出售，后者稱為魚汁吸附飼料或混合魚溶粉（compoundfishsalubleprowder），其營養價值因載體而異。
②低脂魚的加工工藝
是對體脂肪相對含量低的魚及其它海產品的加工過程。根據原料的種類一般分為全魚粉和雜魚粉2類。全魚粉是對脂肪含量少的魚進行整體直接加熱干燥，失去部分水分后再進行脫脂，固形物經第2次干燥至水分含量達18%，粉碎制成魚粉。通常每100kg全魚約可出全魚粉22kg。蛋白質含量在60%左右。雜魚粉：是將小雜魚、蝦、蟹以及魚頭、尾、鰭、內臟等直接干燥粉碎后的產品又稱魚干粉，含粗蛋白質45％～55%不等。或在魚產旺季，先采用鹽腌原料，再經脫鹽，然后干燥粉碎制得。這種魚粉往往因脫鹽不徹底（含鹽10%以上），使用不當易造成畜禽食鹽中毒。