是消化管最長的部分，上連幽門，下與盲腸相接，全長5～7米，盤曲于腹腔中、下部，可分為十二指腸、空腸和回腸。為消化與吸收的重要部位。
小腸分部:
空腸（jejunum）與回腸共同盤曲于腹腔中、下部，上端連十二指腸，下與回腸相連。通常位于左腰部和臍部；管徑較大，管壁厚，血管分布豐富。
回腸（ileum）上接空腸，下端連接結腸，通常位于臍部和右髂部，管徑較小，壁薄。
小腸各部腸腔結構大致相同，腔面有許多半球狀皺襞和絨毛。皺襞以空腸中段與回腸近端為最多。環狀皺襞表面又有許多細小突起，稱絨毛。環狀皺襞與絨毛的存在，擴大了小腸腔的表面積，有利于小腸的消化與吸收。腸壁分四層：
粘膜層 包括上皮、固有膜及粘膜肌層。上皮為單層柱狀上皮，有柱狀細胞與杯狀細胞，柱狀細胞約占99％，核橢圓形，位于細胞基部。細胞游離面有明顯紋狀緣，杯狀細胞散在于柱狀細胞間，量少，胞體膨大，核位底部，為杯形，頂端充滿粘液顆粒，可分泌粘液，具潤滑、保護作用。固有膜由類似網狀結構組織組成。內有豐富的毛細血管網、毛細淋巴管、彌散的淋巴組織和淋巴小結、神經、分散的平滑肌、吞噬細胞、淋巴細胞、漿細胞等，這些細胞亦往往穿入上皮。絨毛由固有膜與上皮形成。腸腺是由小腸凹陷在固有膜中形成的單管腺，亦稱李氏腺，幾乎占固有膜全部。開口于相鄰絨毛之間，腺上皮與絨毛上皮相連續，由柱狀細胞、杯狀細胞、潘氏細胞和內分泌細胞組成。小腸腺分泌物中有多種消化酶。粘膜肌層由內環行，外縱行兩層平滑肌組成。
粘膜下層 為疏松結締組織，有較大的血管、淋巴管及神經。內含十二指腸腺，有分支管泡狀腺可分泌堿性粘液，有保護十二指腸粘膜免受胰液、胃液侵蝕的作用。回腸粘膜下層中常見多個淋巴小結聚集形成淋巴集結。
肌層 由內環行，外縱行兩層平滑肌組成。
外膜 除十二指腸外，外膜均為漿膜。
小腸運動包括緊張性收縮、分節運動和蠕動，并有蠕動沖與逆蠕動，迷走神經傳出沖動對整個小腸起興奮作用，交感神經對小腸運動起抑制作用。小腸壁的內在神經叢對小腸運動也有調節作用。腸腔內食糜的理化因素可刺激腸粘膜感受器，先引起縱行肌收縮，繼而影響環行肌活動。體液因素中，5-羥色胺起神經遞質作用，增強小腸運動；幽門竇分泌的胃泌素、促胰酶素等也加強小腸運動。食糜在小腸中停留約3～8小時，與腸內各種消化液充分混合，并被充分消化與吸收。
十二指腸（duodenum）小腸起始段，位于腹腔后壁，長約25～30厘米，相當于十二個手指的指幅，因此得名。全長呈“C”形，包繞胰頭，可分上部、降部、下部和升部。上部又稱球部，為潰瘍病好發部位。降部緊貼第2～3腰椎右側，其后側壁粘膜有乳頭突起，稱十二指腸乳頭，是膽總管和胰導管末端共同開口處，下部向左橫跨第3腰椎。升部向上至第二腰椎左側，向前下方連接空腸。