食品中總是存在一些最小限度的生物學風險。危害公眾健康的生物學因素（危害）包括細菌、病毒、寄生蟲、原生動物、藻類及其它們所產生的毒性產物。在這些危害中，食品中的致病性微生物、特別是致病性細菌，是當前全球面臨的最重要問題。與細菌病原有關的風險分析具有獨特的風險評估特點。為了確保這些危害被消除或減少到一個可接受的水平，國際食品法典委員會（CAC）及其分委員會為此精心制定了大量包含為闡述這個問題而設計的程序標準和規范法典。然而，CAC認為危害分析和關鍵控制點（HACCP）是迄今為止所設計的控制食源性危害的最經濟有效的方法。在制定一個具體的HACCP計劃時，必須明確識別生產工序中所有可能發生的危害，并消除或減少這樣的危害到可接受水平，這是生產安全食品的本質要求。不過，確定哪一個可能的危害是“實質性的”并且應當得到控制，將涉及到一個以風險評估為基礎的危害評估。危害評估的結果將得出一個應當在HACCP計劃中詳細說明的顯著危害的清單。所以，食源性危害的風險評估，包括生物學危害、化學危害和物理性危害的風險評估，是制定HACCP計劃和建立HACCP體系的基礎，也是據以建立食品風險預警機制、提出食品風險預警措施的前提條件。
食源性危害的風險評估應當基于科學理論，并且應當是明晰的；它的實施應當按照結構性的方法進行。此外，食源性危害風險評估應當包含不確定的、假設的和可變的輸入陳述。食源性危害風險評估應當隨著時間的推移，而被重新評估和重新評價，包括對費用、資源、和時間（CAC的觀點）的陳述；并且，最終它應當是靈活且與現實生活的情況相聯系（OIE；OIE曾對風險評估下的定義是：對在進口國領土內病原因子的進入、生長、或傳播的可能性、生物性和經濟后果的評價。這個定義不同于食源性危害風險評估的定義，前者的本質是“對所引進有害生物的風險評估”，即所謂的PRA）。食源性危害風險評估是對人類暴露于食源性危害而導致對健康已知和潛在不良作用的科學評價；它是對暴露于危害所產生傷害的可能性和嚴重性所進行的評價。當考慮食品中化學或生物學危害造成的公眾健康風險時，定量風險評估的目的是根據某一事件的概率、根據因暴露于可能引起傷害的因子所導致的不良健康后果的可能性，而去得出一個數學陳述。為食源性病原體進行風險評估的可能的方法包括：概率柱方圖（probabalistic scenario）分析，斷層樹（fault tree）分析，事件樹(event tree)分析，以及同樣為化學物所提出的從事定量風險評估的范例。
微生物危害一般通過兩種機理導致人類疾病。一種作用模式是產生能夠起作用的毒素，范圍從短期耐受到溫和癥狀到急性中毒，以至于產生慢性病或威脅到生命。第二種作用模式是，通過消化存活的有機體而傳染給寄主所產生病理反應。在前一種情況下很容易界定一個閾值。這時某種生物危害物的定量風險評估成為可能。定性和定量風險評估都要依靠在評估過程中收集信息的類型和質量。
當進行定量評估時，他們的應用將會不同，但基本步驟是相同的，作為分析員也不會有必要的信息去建立，對于負面結果的嚴重性和/或可能性數學的估計。當給許多生物危害評估風險時，充足的數據量可以從事定量分析。然而，分析員將會發現在多數情況下，許多不確定因素將使得定量評估沒有實用性，包括如何和何時有機體可以產生致病性。在未來需要進一步的研究，以作出更精確定量的評估。