環境質量是影響綠色食品產品質量最基礎的因素之一。而判斷環境質量的好壞，必須取得代表環境質量的各種數據，即各種污染因素在一定范圍內的時、空分布。環境監測是用科學方法監視和檢測代表環境質量及發展變化趨勢的各種數據的全過程。因此，環境監測及現狀評價報告是綠色食品申報材料的重要組成部分。
1、申報產品產地環境監測
產地是指申報產品或產品主原料的生長地。申報產品產地環境監測主要監測申報產品或產品主原料產地土壤、大氣和水三個環境因子。監測工作由省綠色食品委托管理機構指定的環境監測機構（必須是在中國綠色食品發展中心備案的）承擔。監測非用由環境監測單位收取。
2、 有關綠色食品產地環境監測的幾點規定
（1）、監測時間
綠色食品產地環境監測時間要求安排在生物生長期。
（2）、布點數
布點數原則上按《綠色食品產地環境質量現狀評價綱要》的有關規定執行，強調現場調查研究(必須出具環境監測單位的調查研究報告），堅持優化布點。
（3）、特殊產品監測
依據產品工藝特點，某些環境因子（土壤、大氣、水）可以不進行監測（須事先報中心批準）。根據幾年來的監測實踐經驗及產品的特點，對以下幾種產品的環境監測做如下規定：礦泉水環境監測只要求對水源進行水質監測，土壤、大氣不必監測。深海產品只要求對加工水進行監測。野生產品的環境監測可以適當少布點。深山野生產品及深山蜂產品，水質及大氣不要求監測。蘑菇等特殊產品監測要依據具體原料來源情況，經監測單位與中心商量后再確定。
（4）、續報產品環境監測
在第一個使用周期有效期滿前提出續報的產品，如申報規模沒變，可以不做環境監測。該產品在第二個使用周期滿前仍繼續申報時，須做環境監測，但經監測單位和省綠辦考察后，如果沒有新的污染源，可以適當少布點。自第三個使用周期起，環境監測的有效期為六年。
（5）、仲裁
如果企業在申報時，認為監測單位出具的監測結果有疑問，經企業與監測單位協商后，可以請求中心仲裁。
（6）、任務書
各綠辦要對所轄范圍內申報產品的環境監測實行統一編號，對監測單位下發委托任務書。監測單位只有接到當地省綠辦的委托任務書后，才能進行環境監測。環境質量現狀評價報告中要求附報綠辦委托任務書的復印件。
（7）、出具報告時間
監測單位自接到省綠辦的委托任務書后，須于45天內出具環境監測及環境質量現狀評價報告。