1.逆轉錄PCR(RT-PCR)用來擴增RNA的方法。
2.競爭逆轉錄PCR(competitive reverse transcription-polymerase chain rection C-RT-PCR)低豐度RNA定量的好方法。
3.多重PCR（multiples PCR）在同一PCR體系中加入多對引物可用于基天長度很長，發生多處缺失的檢測。擴增同一模板的幾個區域。
4.多種PCR可同時加入多套以生物素標記的引物起進手PCR反應。
5.反向PCR（iverse polymerase chain reaction）對一個已知的DNA片段兩側的未知序列進行擴增和研究。
6.不對稱PCR在擴增循環中引入不同引物濃度，以得到單鏈DNA并進行列測定，以了解目的基因的序列。
7.錨定PCR（anchored polymerase chain reaction）幫助克服序列未知或序列未全知帶來的障礙。在未知序列未端添加同聚物尾序，將互補的引物連接于一段帶限制性內切酶位點的錨上，在錨引物和基因另一側特異性引物的作用下，將未知序列擴增出來。
8.著色互補試驗或熒光PCR（color complementation assay or fluorescent PCR）原理是用不同熒光染粒，分別標記于不同寡核苷酸引物上，同時擴增多個DNA片段，反應完畢后，利用分子篩選去多余的引物。用紫外線照射擴增產物，就能顯示某一DNA區帶熒光染料顏色的組合，如果某一DNA區帶熒光染色料顏色的組合，如果某一DNA區帶缺失，則會缺乏相應的顏色。
9.雙溫PCR（two-temperature PCR）僅僅執行兩步溫度程序。合并退火與延伸溫度。一般常用溫度是94-95℃和46-47℃。可以提高反應的速度和特異性。
10.原位PCR技術：PCR雖然能擴增包括福爾馬林固定、石蠟包埋組織的各種標本的DNA，但擴增的DNA或RNA產物不能在組織細胞中定位，因而不能直接與特定的組織細胞特征相聯系，這是該技術一個局限性。原位雜交雖具有良好的定位能力，但由于其敏感性問題，尤其是在石蠟切片中，尚不能檢測出低含量的DNA或RNA序列。而原位PCR（In situ PCR,簡稱IS PCR），它可使擴增的特定DNA片段在分離細胞和組織切片中定位，從而彌補了PCR和原位雜交的不足，具有良好的應用前景。目前，已有多種設計的原位PCR擴增儀系統問世，使操作簡便，軟件靈活，已成為拉增固定細胞和石蠟包埋組織中特定DNA和RNA序列的有用工具。
