測試糖是否被包含在從活細胞內取出的蛋白質中, 過去一直使用苯酚-硫酸顏色分析法, 但是它的低敏感對現在的生物化學研究而言是不合適的. 現在正在使用的是免疫顏色法(면역착색법), 通過切割羥基鄰接的糖得到高活性的醛, 或著使用維生素H-straptavidine(스트랩타비딘) 形成的配合物和磷酸酯酶的方法.
為分析糖蛋白類型中糖聚合物的結構必須被首先分離糖和蛋白質, 這需要化學方法和酶方法. 在化學方法中, 可以通過使用肼迅速分開O-或N-連接的糖并控制條件僅分離O-連接的的糖. 然而, 當肼被用于反應時, N- 乙酰基在反應中被切割掉于是需要額外的乙酰化步驟. 如果在一些胺的第一個位置沒有胺上的乙酰基那就沒有辦法分離. 因為肽結構在肼反應條件下被分解, 還有蛋白質分析的問題.
在酶方法中, 用肽N-糖苷酶F(PNGase F)分離N-連接的糖是可能的而且有用的. 可是, 能與O-連接的糖廣泛反應的酶還未被發現. 當糖被分離的時候, 為便于分析, 通常還原末端被螢光或放射性分子標記. 在元素分析之前, 首先用硅膠色譜測體積, 用陰離子交換樹脂測離子數. 然后, 用HCl或TFA等酸做糖水解以得到單糖, 然后以GC或HPLC給出相對量. 這個過程與分析蛋白質時的氨基酸分析類似.
剩下的工作是決定糖的整個結構, 包括單糖的種類, 序列, 與羥基連接的位置, 異構體的三維結構, 側鏈的結構, 單糖的光學結構, 以及化學分析如磷酸化作用, 硫酸化作用和甲酸化作用等. 還沒有能夠獲得所有數據的簡單過程, 于是就采用了NMR, 質譜, 酶分析等方法, 但是仍然耗費了大量時間和精力. 自動化RAAM(試劑排列分析方法)混合了幾種酶, 能選擇性分離一些試劑, 并通過與現有數據庫比較得出糖結構. 然而, 由于可得到的酶的限制, 這種方法僅對已知基本結構的N-連接的糖有效, 不能用于O-連接的糖或者全新結構. 這個領域仍然迫切需要劃時代的解決辦法.
