一種關(guān)于真核細(xì)胞起源的假說(shuō)。由美國(guó)生物學(xué)家馬古利斯（LynnMargulis）于1970年出版的《真核細(xì)胞的起源》一書中正式提出。她認(rèn)為，好氣細(xì)菌被變形蟲狀的原核生物吞噬后、經(jīng)過長(zhǎng)期共生能成為線粒體，藍(lán)藻被吞噬后經(jīng)過共生能變成葉綠體，螺旋體被吞噬后經(jīng)過共生能變成原始鞭毛。
這一假說(shuō)由于證據(jù)充分，已被越來(lái)越多的人所接受。它的主要根據(jù)是：（1）共生是生物界的普遍現(xiàn)象，例如根瘤菌與豆科植物的共生關(guān)系，藍(lán)藻或綠藻與真菌共生形成地衣等。有一種草履蟲（Paramoeciumbursaria），其體內(nèi)有小的藻類與之共生，并能進(jìn)行光合作用；過去說(shuō)澳洲白蟻消化道內(nèi)生活著一種所謂混毛蟲（Mixotricha paradoxa），實(shí)際由兩種螺旋體、兩種真細(xì)菌和一種纖毛蟲組成，它們能分泌有關(guān)的酶，消化纖維素。特別是近年發(fā)現(xiàn)的灰孢藻（Glancocystis），它本身并無(wú)葉綠素，但有許多葉藍(lán)小體（cyanella）生活在體內(nèi)，進(jìn)行光合作用制造食物。這種共生關(guān)系看來(lái)建立不很久，因?yàn)槿~藍(lán)小體在細(xì)胞內(nèi)還不大固定。灰孢藻的發(fā)現(xiàn)是對(duì)“內(nèi)共生假說(shuō)”的有力支持。（2）葉綠體和線粒體都有其獨(dú)特的DNA，可以自行復(fù)制，不完全受核DNA的控制。線粒體和葉綠體的DNA同細(xì)胞核的DNA有很大差別，但同細(xì)菌和藍(lán)藻的DNA卻很相似。藍(lán)藻的核糖體RNA（rRNA）不僅可以與藍(lán)藻本身的DNA雜交，而且還可與眼蟲葉綠體的DNA雜交，這些都說(shuō)明它們之間的同源性。（3）線粒體和葉綠體都有自己特殊的蛋白質(zhì)合成系統(tǒng)，不受核的合成系統(tǒng)的控制。原核生物的核糖體由30S和50S兩個(gè)亞基組成，真核生物的核糖體由40S和60S兩個(gè)亞基組成。線粒體和葉綠體的核糖體分別與細(xì)菌和藍(lán)藻的一致，也是由30S和50S兩個(gè)亞基組成，這說(shuō)明細(xì)菌和線粒體、藍(lán)藻和葉綠體是同源的。抗生素可以抑制細(xì)菌和藍(lán)藻的生長(zhǎng)，也可以抑制真核生物中的線粒體和葉綠體的作用，這也說(shuō)明線粒體與細(xì)菌、葉綠體與藍(lán)藻是同源的。（4）線粒體、葉綠體的內(nèi)、外膜有顯著差異，內(nèi)、外膜之間充滿了液體。研究發(fā)現(xiàn)，它們內(nèi)、外膜的化學(xué)成分是不同的。外膜與宿主的膜比較一致，特別是和內(nèi)質(zhì)網(wǎng)膜很相似；內(nèi)膜則分別同細(xì)菌和藍(lán)藻的膜相似。總之，“內(nèi)共生假說(shuō)”得到了多方面的實(shí)驗(yàn)支持，因而被越來(lái)越多的人所接受。但它也有不足之處，主要是：第一，它沒有說(shuō)明細(xì)胞核是怎樣起源的；第二，它認(rèn)為螺旋體進(jìn)入后能形成真核細(xì)胞的鞭毛，這種看法顯然不對(duì)，因?yàn)槁菪w是一種原核生物，其鞭毛沒有“9 2”結(jié)構(gòu)，而真核生物如草履蟲的纖毛或眼蟲的鞭毛卻是有“9 2”結(jié)構(gòu)的。螺旋體進(jìn)入變形蟲狀原核細(xì)胞后如何形成具有“9 2”結(jié)構(gòu)的鞭毛，“內(nèi)共生學(xué)說(shuō)”并沒有加以具體說(shuō)明。