在食品貯藏工作中，應該采取各種措施，對于可能出現的微生物污染進行預防。一旦出現微生物污染，應采取措施控制。
1 、食品微生物污染的預防
許多食品，如水果、蔬菜、魚、肉、禽蛋等，內部一般不常含有微生物，但其外表往往帶有各種各樣的微生物，在某些條件下，其數量相當巨大。這些微生物的存在，由于它們已適應于這些食品的環境條件，因而極易大量而迅速繁殖。
作為預防措施，首先是對某些食品原料所帶有的泥土和污物進行清洗，以減少或去除大部分所帶的微生物。干燥、降溫，使環境不適于微生物的生長繁殖，也是一項有效的措施。在加工、運輸、貯藏過程中的環境、設備、輔料和工作人員，都應注意防止微生物對食品的污染。無菌密封包裝是食品加工后防止微生物再次污染的有效方法。
2 、減少和去除食品中已有的微生物
食品及其原料，都不可避免地帶有某些微生物，包括有病原菌和腐敗菌，不僅可引起食品的腐敗變質，食用后甚至會引起人們的健康損害。
減少和去除食品中已有微生物的方法很多，如過濾、離心、沉淀、洗滌、加熱、滅菌、干燥、加入防腐劑、輻射等等。這些方法可以根據食品的不同性質，加以選擇應用。但應注意選擇的方法應以不損害食品的營養、風味、表觀性狀、內在質地和食用價值為原則。
3 、控制食品中殘留微生物的生長繁殖