紫菜人工養殖在海水中，對于環境、溫度有較大的依賴性。在紫菜養殖過程中，紫菜網簾容易被海水中的海藻附著，除硅藻以外，危害最大的要算綠藻。滸苔、礁膜、石莼、絲藻和尾孢藻等都屬于常見的綠藻品種。由于這些綠藻類大量附生在紫要網簾和筏架上，致使紫菜殼孢子的萌發受阻、與紫菜爭奪生長需要的養分和陽光，且綠藻和紫菜無法分離，影響加工成品的質量等級。

清除綠藻可采取下列措施：

    1、加強出苗期的海上管理，適時曬網，及時發現及時處理，把雜藻消滅在萌芽狀態。

    2、網簾全苗后，成菜養育開始以前（密掛網簾疏散前），進行一次較為徹底的曬網，將大部分綠藻曬死。

    3、在紫菜養成后期，基本上不進行曬網處理，可采用手拔的方法摘除夾雜在紫菜中的綠藻。

    4、利用檸檬酸劑清除綠藻，其方法是，將附生綠藻的網簾浸入盛有1%的工業用檸檬酸的海水容器約30-40分鐘。然后用清潔海水將殘留液沖洗干凈，效果顯著。但要嚴格掌握藥液濃度，浸泡時間亦不宜過長，否則往往會將紫菜苗殺死。

    5、用1%的硫酸銅溶液，清除筏架、浮綆上的綠藻類，效果不錯。但此法不能用于清除苗網上的綠藻，否則紫菜和綠藻將被一起殺死。

    6、是利用紫菜對低溫的忍耐比綠藻強的特性，可在短時期內進行冷凍處理，這也是清除綠藻的好方法。