細菌分類學上，腸球菌屬早期并不存在，現今的一些菌種本歸屬于鏈球菌屬,1989年，依據Facklam和Collins的分類，腸球菌屬內包括十二個種及一個變異株，它們是：

　　糞腸球菌（E.faecalis） 屎腸球菌（E.faecium)

　　鳥腸球菌(E.avium) 酪黃腸球菌(E.casseliflavus)

　　堅忍腸球菌(E.durans) 雞腸球菌E.galinarum)

　　芒地腸球菌(E.mundii) 惡臭腸球菌(E.maladoratum)

　　希拉腸球菌(E.hirae) 孤立腸球菌（E.solitarius）

　　棉子糖腸球菌(E.raffinosus) 假鳥腸球菌(E.pseudoavium)

　　糞腸球變異株(E.faecalis var)。

　　糞腸球菌為該屬中最常見的即為代表種。該屬通常指糞便來的可以用氮鈉分離鑒定的一群革蘭氏陽性球菌。由于腸球菌的菌種均含有Lancefield的D群抗原，亦稱D群糞腸球菌或D群腸球菌。腸球菌的DNA G+C含量33%-39%mol。

　　腸球菌普遍存在于自然界，一般棲居在各種溫血和冷血動物的腔腸，甚至昆蟲體內，也是健康人體的上呼吸道，口腔或腸道的常居菌。本菌可以引起心內膜炎，膽囊炎，腦膜炎，尿路感染及傷口感染等多種疾病。在人類糞便中的數量僅次于大腸菌群，每克成人的糞便中約含２×10⁸個。由于此污染指示菌比較大腸桿菌對外界環境溫度適應性強、抵抗力強及耐受性強，甚至可以與多種抗生素相抵抗和生長營養要求不高，因此在自然界分布廣，存活力持久。在無糞便污染的環境中較大腸菌更易發現，所以，即使檢出腸球菌也沒有糞便污染的指示作用。此外，即使在冷凍，干燥性和經中等強度加熱處理的食品中檢出腸球菌也不能提示腸道致病菌的存在，因為腸球菌比沙門氏菌，致病性大腸桿菌抵抗性及存活率均高。

　　食品微生物檢驗主要針對在１０℃和４５℃下可生長發育的糞腸球菌與屎腸球菌，二者在生化特性、ＤＮＡ雜交結果有明顯不同。在４５℃條件下，用含疊氮鈉成分的培養基檢測此類指示菌是其主要特征。

　　目前該菌多作為生活飲用水，管道水和一些水質的指示菌。衛生學家認為，腸球菌類似于大腸菌群的生態活動，但其對惡劣的外環境和冷凍條件具有較強的抵抗力，作為監測水質衛生，環境衛生質量的污染指標更具有衛生學意義。另據有關報道，大量的（１０⁹以上）腸球菌可以引起食物中毒，作為一個有衛生學意義的細菌（該菌的污染在某些食品中也常被發現），有些國家已經制定了針對腸球菌污染限量標準，大多制定在０／克～１０⁵／克范圍內。從預防食物中毒方面，保障人民身體健康考慮，借鑒國外標準，制定適宜的污染限量指標，應盡快擺到議事日程上來。

１、形態與染色

　　腸球菌屬的細菌為革蘭氏陽性球菌，多數菌種成雙或呈短鏈狀排列；一般無芽胞，無莢膜，少數菌種有鞭毛，陳舊培養物或在厭氧狀態下有時呈革蘭氏陰性。

２、培養特性

　　在普通瓊脂及麥康凱瓊脂上形成小菌落，在血瓊脂上形成較鏈球菌稍大的菌落，光滑、較濕潤、易乳化，依據種的不同，α、β或γ溶血均可出現。在液體培養基中呈均勻渾濁生長，也較易形成長鏈。需氧或兼性厭氧，最適生長溫度37℃，最適pH為4.7-7.6，屬內各菌種均能在６.5%氯化鈉肉湯,pH9.6葡萄糖肉湯及４５℃生長，個別菌種在50℃時生長快。

３、抗原結構

　　Lancefied血清系統屬D群，其特異性抗原決定簇是位于細胞壁中的甘油壁酸，本質上是多糖類，含有N-乙酰己糖胺。

４、生化反應

　　過氧化氫酶呈陰性，能分解葡萄糖、麥芽糖生成酸，多數菌株分解甘露醇；膽汁七葉苷水解、萬古霉素敏感性及咯烷基芳基酰胺酶均為陽性；耐一定程度的酸堿、耐鹽和４０％的膽鹽；結合Ｄ群抗血清進行血清學鑒定可用來區分腸球菌與鏈球菌，乳球菌屬。依據甘露醇、山梨醇、山梨糖產酸及精氨酸脫氨基四個關鍵性的生化生理實驗，可將腸球菌分為三個群。