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生長能力的檢查是指采用低菌量的特定菌種挑戰培養基的菌落回收率，一般而言所謂低菌量是指至少<100 CFU，而所謂特定菌種是指藥典規定的標準菌株、控制菌以及不合宜微生物(objectionable)。無論滋養性培養基(例如TSA)或是選擇性培養基(例如麥康凱瓊脂，MacConkey agar)都需要執行生長能力的檢查，然而對于選擇性培養基來說，由于目標菌的回收率常常低于滋養性培養基，因此國際藥典并未針對選擇性培養基的回收率有明確的要求(非強制>50%)，但是對于選擇性培養基的抑制能力與指示能力則有特別要求。操作這三種培養基效能檢查時，必須注意到接種菌株種類、培養與觀察時間的要求是不同的。舉例來說，生長能力的檢查必需在藥典規定的最低時間內完成培養；抑制能力的培養時間則不低于藥典規范的最長時間培養；抑制能力須接種>100 CFU（常用的濃度為1,000 CFU左右）的非目標菌株用以挑戰其抑制力。
一般來說，微生物限度檢查與環境監控培養基通常使用TSA與SDA平板，至少需要5株藥典菌株，而無菌性試驗則需要6到7種菌株(方法合適性采用大腸桿菌)。然而，除了藥典規范的菌株以外，無菌性檢查用的培養基最好能夠再增加廠內分離菌株加以挑戰。最佳的選擇可以是過去曾經造成無菌性試驗失敗的污染菌株，或是曾經在該環境(通常為A、B級區)所分離的菌株。特別要注意的是，若細胞制劑/治療產品采用了替代無菌性試驗方法，例如Bact/Alert血培養設備，在歐洲藥典EP 2.6.27的規定中，部分菌株與傳統無菌性試驗不同，例如新增了在臨床常見的厭氧感染菌Bacteroides fragilis ATCC 25285；對于環境監控用培養基，雖然藥典并未強制規范挑戰菌株為何，但一般來說都是以微生物限量檢查常見的五種菌株來檢查(金葡、銅綠、枯草、黑曲霉與白念)，然而基于環境中常態菌叢通常為非藥典建議QC菌株，例如微球菌(Micrococcus)、表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis)、棒狀桿菌(Corynebacterium)甚至霉菌及酵母菌等，且基于對消毒劑效能的考慮，建議至少增加2至3種非藥典所建議的廠房環境菌株加以挑戰培養基效能。若是廠內已經建立有不合宜微生物名單(objactionable organism list)，或是發現了不適當的菌種(例如霉菌、革蘭氏陰性桿菌等)都可以采用作為環境監控用培養基的效能檢查用菌種。
對于制藥用水的檢查方式，歐美各國對于培養基的選擇各有不同的評論。但目前比較多藥廠采用的還是R2A與PCA兩種培養基，部分藥廠對于源水質量的檢查還會增加使用mEndo agar或是顯色培養基(chromogenic agar)來評估其革蘭氏陰性桿菌。由于存在于水中的微生物通常處于營養缺乏(starvation)或是高壓力(stressed)狀態，菌種生長較為緩慢，菌落不明顯，所以培養條件有些許不同，例如某些藥廠采用營養較低的R2A培養基低溫培養4-7天，而不是選擇常用的TSA或是PCA培養基培養3天。挑戰用于制藥等級水檢查用培養基的菌種，考慮的因子會跟微生物特性有很大的關系。容易形成生物膜(Biofilm)的假單胞菌(Pseudomonas)、甲基桿菌(Methylobacterium)、羅爾斯頓氏菌(Ralstonia)、寡養單胞菌(Stenotrophomonas)應該被列為培養基檢查的菌株，例如日本藥典建議使用甲基桿菌與假單孢菌；革蘭氏陽性菌通常不是水中微生物的主角，它們不耐存活于液態環境，但是帶有內孢子的革蘭氏陽性芽孢菌，由于能夠耐熱與UV照射，所以也可以作為培養基挑戰之用，例如歐洲藥典對于R2A的建議是使用枯草桿菌來挑戰；不形成生物膜的革蘭氏陰性菌且"非"假單孢菌屬，例如大腸桿菌群，雖然這些細菌大部份會在水系統的處理過程被去除(或是無法存活)，但這些腸桿菌科成員卻是源水潔凈程度的重要指標。然而，藥典并沒有建議使用何種培養基來檢查這類微生物�；蛟S常用于環檢規范的mEndo agar或是顯色培養基或食品檢驗的VRBGA可以列為參考，一來這些培養基有標準方法可以依循，二來這些培養基也已經有質量管理規范，例如美國APHA公共衛生協會。
菌株的選擇 3 (在控制菌用培養基效能方面)
控制菌的檢查需要使用到許多選擇性培養基，例如麥康凱培養基(MacConkey agar/broth)、RV沙門增菌液體培養基(RV broth)、溴化十六烷基三甲銨瓊脂(cetrimide agar)等等。由于這些培養基可能同時具備有目標菌生長能力、非目標菌抑制能力，甚至具備有指示能力，所以其成份組成通常較為復雜，配制較為繁瑣，在效能檢查上也更為復雜。以甘露醇氯化鈉瓊脂培養基(Mannitol salt agar)為例，需要使用金黃色葡萄球菌來挑戰其生長與指示能力，用大腸桿菌挑戰該培養基的抑制能力。
生長能力的檢查必需在藥典規定的最低時間內完成培養(<18小時)；抑制能力則須接種>100 CFU的非目標菌株且不低于藥典規范的最長時間培養(>72小時)。值得注意的是，2015年版中華人民共和國藥典對于指示能力的培養時間與其他國際藥典不同，國際藥典，例如USP是規定指示能力的培養時間可以在藥典的規定時間以內(18-72小時)，但2015年版中華人民共和國藥典則是更嚴格要求低于18小時需觀察得到(黃色菌落與黃色圈環)。對于液態增菌培養夜，例如TSB、MacConkey broth、RV broth對指示能力則沒有明確要求。除了目前2015年版中華人民共和國藥典所規范的七類控制菌檢查以外，對于伯克氏菌(Burkholderia)以及其他不合宜微生物(objectionable)檢查用的培養基，也應建立一套培養基效能檢查以及方法合適性檢查的方法。
