在企業中的地位是通過與管理體系的融合程度來體現的，融合得不好，體系的效用就會大打折扣。
    實踐中發現，和被認證組織彼此所關注的目標存在著不易彌合的距離，原因大致有如下幾個方面:
    某些組織在引入ISO9000質量管理理念并建立后，只是片斷地吸收、部分地采用，把凌亂的方法或者只言片語當成法寶，忽視了體系的整體性和系統性，不能達到應有的效果；
    有的企業為行銷好看或投標的需要，并沒有真正把ISO9000的理念融入日常管理或工作流程中，甚至使體系成為一個“外掛系統”，不僅不能發揮應有的作用并達到應有的質量效果，反而成了包袱；
    某些咨詢和并不關心體系在組織中的地位給予其他管理方法、體系融合的程度，而企業又通常缺乏專業知識和必要的人力資源把一套完整、有機的體系與其他管理方法、體系融合起來；
    部分不對客戶的運行作認真客觀的評價，使認證僅僅是“材料上通過”，在組織缺乏自主要求的時候，體系就形同虛設；
    不少企業在準備認證時，用統計報表應付對統計技術的要求，編制與統計技術有關的程序性文件也不知從何處下手。
    還有些企業在管理方法上盲目追求“先進”，沒有根據自身的水平踏踏實實地落實基礎工作，結果是企業的體系文件中使用了不少時髦的新名詞、新概念，但實際連最基本的過程控制乃至工作還沒有健全。
    上述問題引發的矛盾，比較集中地體現在體系在中的地位和應用過程。一方面，沒有發揮應有的效用，甚至質量管理與控制的作用并不明顯，有些管理者還出現了“質量管理疲勞”，認為“體系也就那么回事”。另一方面，許多經過認證的企業苦于沒有一種簡約、系統、全面的主導管理體系為主干，將一些先進的管理理念、模式及方法串聯融合起來，并體現在產品實現的過程中，因而在產品實現的過程中常常掛一漏萬，只得針對出現的問題不斷制定、修改各種制度、方法、措施。因此，企業在質量改進、質量控制與管理體系方面存在不少鏈接和融合的問題，使先進的理念、模式、方法不能實施。
    面對這些現象，企業應建立全面的、具有相容性的主導管理體系，保證企業質量管理能夠健康協調發展。實際上，任何組織在實際操作中都不可能在正常的生產運作之外單獨運行，所以，如何將體系與日常融合在一起，使擺在組織管理者面前的一個重要課題。每個組織的管理模式、文化、素質、環境、產品、組織理事、組織成熟度及利益相關者的期望都有其相對獨特性，很難形成一種可以套用的固定公式，也不是外人可以代勞的。
    ISO9000不僅是一種、管理控制手段，還是一個能滿足從采購到加工生產過程再到交付顧客及等一系列緊密相扣并在各環節受到監測、控制的管理體系，覆蓋了生產運作的各個流程。因此，ISO9000質量體系不僅可以作為質量控制標準，更是一個可以貫通全部產品實現過程的主導管理體系。
    把ISO9000導入企業使之成為主導管理體系，還必須由企業的最高管理者統籌建立和實施。組織的最高管理者應該對ISO9000體系僅僅視為質量控制手段的認識，才能知道體系的導入及與各種管理方法、模式和文化的融合，這種改進對組織來說是全流程和全方位的。