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長期保持引物和探針的穩定性關鍵有四點：
（1）低壓凍干的引物在儲存時間和溫度方面具有更好的靈活性。引物一旦重新溶解，即應置于 -20°C 保存，且若保存時間超過一年則應對其進行監測，看它是否出現功能下降。
（2）對于標記的引物和探針，則應采取措施避免標記物暴光 (例如使用不透明管及置于暗處保存)，以延長它們的使用壽命。
（3）引物濃度也可影響其穩定性。建議引物的儲存濃度不低于10 μM；實際上，在大多數情況下，100 μM 的引物濃度操作更簡單。引物和探針還應分裝保存，以減少凍融次數，特別是標記的引物和探針。
（4）最后，TE 緩沖液可形成比水更為穩定的環境。此外，含有 0.1 mM EDTA的 TE 緩沖液 (標準 TE 中含有 1 mM EDTA) 是一種理想的溶液，這是由于一些 PCR 反應對 EDTA 的靈敏度可能有一些殘存。
