貨物由發貨人托運開始至收貨人提取貨物為止，幾種主要海運單證及其流轉程序如下：
1． 裝船單證（由托運人辦理）
托運人填制托運聯單（包括托運單、裝貨單、收貨單等）后，向承運人的代理人辦理托運，代理人接受承運后，將承運的船名填入聯單內，留存托運單，其它聯退還托運人，托運人憑以到海關辦理出口報關手續；海關同意放行后，即在裝貨單上蓋放行章，托運人憑以向港口倉庫發貨或直接裝船；然后將裝、收貨單送交理貨公司，船舶抵港后，憑此理貨裝船，每票貨物都裝上船后，大副留存裝貨單，簽署收貨單；理貨公司將收貨單退還托運人，托運人憑收貨單向代理人換取提單，托運人憑提單等到銀行辦理結匯，并將提單寄交收貨人。
承運人辦理的裝船單證：
承運人的代理人依據托運單填制裝貨清單和載貨清單，根據承運人的要求，依據裝貨清單編制貨物積載圖，船舶抵港后，送大副審核簽字后，船方留存一份，提供給代理人若干份，轉寄承運人的卸貨港代理人；編制分艙單；代理人根據裝船實際情況，修編載貨清單，經大副簽字后，向海關辦理船舶離境手續；依據載貨清單填制運費清單，寄往承運人的卸貨港代理人和船公司。
2． 卸船單證（由收貨人辦理）
收貨人收到正本提單后，向承運人的代理人換取提貨單；代理人簽發提貨單后，須保持正本提單、艙單和提貨單內容相一致；收貨人憑提貨單向海關辦理放行手續后，再到港口倉庫或船邊提取貨物；貨物提清后，提貨單留存港口倉庫備查；收貨人實收貨物少于提單或發生殘損時，須索取貨物溢短單或貨物殘損單，并憑以通過代理人向承運人索賠。
承運人辦理的卸船單證：
承運人的代理收到艙單、貨物積載圖、分艙單后向海關辦理船舶載貨入境手續，并向收貨人發出到貨通知書，同時將上述單證分送港口、理貨等單位；船舶抵港后，理貨公司憑艙單理貨，憑貨物積載圖指導卸貨，當貨物發生溢短或原殘時，編制貨物溢短單或貨物殘損單，經大副簽認后，提供有關單位。
3． 裝、卸船貨運單證的流轉程序
托運人向代理公司辦理貨物托運手續：
1 代理公司同意承運后，簽發裝貨單（S/O ），并要求托運人將貨物送至指定的裝船地點。
2 托運人持代理公司簽發的裝貨單和二聯（收貨單） 送海關辦理出口報關手續。然后，裝貨單和收貨單送交理貨公司。
3 代理公司根據S/O留底編制裝貨清單（L/L） 送船舶。
4 船上大副根據L/L 編制貨物配載圖（C/P ）交代理公司分送理貨、裝卸公司等按計劃裝船。
5 托運人將貨物送碼頭倉庫，期間商檢和海關到港口檢驗、驗關。
6 貨物裝船后，理貨組長將S/O和收貨單（M/R 交大副核對無誤后），留下S/O ，簽發收貨單。
7 理貨組長將大副簽發的M/R交托運人。
8 托運人持M/R到代理公司處支付運費（在預付運費情況下） 提取提單（B/L） 。
9 代理公司審核無誤后，留下M/R，簽發B/L給托運人。
10 托運人持B/L到議付銀行結匯，議付銀行將B/L郵寄開證銀行。
11 代理公司編制出口載貨清單（M/F） ，向海關辦理船舶出口手續，并將M/F交船隨帶。
12 代理公司根據B/L 副本編制出口載貨運費清單（F/M） ，連同B/L 副本送交船公司，并郵寄或交船帶交卸貨港的代理公司。
13 卸貨港的代理公司接到船舶抵港電報后，通知收貨人船舶到港日期。
14 收貨人到銀行付清貨款，取回B/L 。
15 卸貨港代理公司根據裝貨港代理公司寄來的貨運單證，編制進口載貨清單等卸貨單據，約定裝卸公司，聯系泊位，做16 好卸貨準備工作。
17 卸貨港代理公司辦理船舶進口報關手續。
18 收貨人向卸貨港代理公司付清應付費用后，以正本提單換取提貨單（D/O ）。
19 收貨人持D/O 送海關辦理進口報關手續。
20 收貨人持D/O 到碼頭倉庫提取貨物。