按照《中華人民共和國國境衛生檢疫法》及其實施細則、《食品衛生法》、《中華人民共和國進出境動植物檢疫法》及其實施條例的有關規定，檢驗檢疫機構所涉及的衛生除害處理的范圍和對象是非常廣泛的，它包括：入出境的貨物、動植物、運輸工具、交通工具的衛生除害處理以及公共場所、病源地和疫源地的衛生除害處理等，本節只對出入境貨物、集裝箱和動植物的衛生除害處理進行闡述。
一、對入出境的貨物、集裝箱具有下列情形之一的應實施衛生除害處理
（一）來自檢疫傳染病疫區的。
（二）被檢疫傳染病污染的。
（三）發現與人類健康有關的嚙齒動物、或者病媒蟲，超過國家衛生標準的。
（四）裝載的是廢舊物品或可能攜帶致病微生物對人類健康造成危害的其它物品。
（五）對在到達本口岸前的其他口岸已實施衛生處理的貨物、集裝箱，但有下列情形之一的，應進一步實施衛生處理。
1．運載過程中發生流行病學上有重要意義事件的。
2．經衛生檢查判定原衛生處理沒有實際效果的。
（六）經檢驗不符合進口食品衛生標準的。
（七）來自動植物疫病流行國家或地區以及裝載動物、動物產品的集裝箱。
二、對入出境的動植物及其產品和其它檢疫物的衛生除害處理要求
（一）輸入的動物檢出中國政府規定的一類傳染病、寄生蟲病的其陽性動物及與其同群的其他動物全群撲殺，并銷毀尸體；檢出中國政府規定的二類傳染病、寄生蟲病的其陽性動物退回或撲殺。
（二）輸入的動植物、動植物產品和其他檢疫物，經檢疫發現危險性病蟲害，無有效除害處理方法的，作退回或銷毀處理。
（三）輸入的動植物、動植物產品和其他檢疫物，經檢疫發現危險性病蟲害，有有效除害處理方法的，作衛生除害處理。
（四）輸入的動植物、動植物產品和其他檢疫物，經檢疫發現一般性病蟲害超過規定標準的，作衛生除害處理。
（五）輸入動植物產品、動植物性包裝、鋪墊材料必要時進行外包裝消毒處理。
（六）出境動植物、動植物產品和其他檢疫物，經檢疫不合格，可通過除害處理達到出口要求的，作衛生除害處理。
三、實施衛生除害處理的方法
衛生除害處理的方法主要包括：物理方法：超聲波、紫外線照射、加熱處理、冷凍處理、捕殺、焚燒、深埋等；化學方法：藥物蒸熏除害、藥物表面噴灑；另外，人為措施有禁止入出境、過境和封存等。
四、衛生除害處理的標準和效果
（一）病媒昆蟲成蟲全部死亡。
（二）嚙齒動物全部死亡或未發現。
（三）貨物表面和集裝箱內表面根據流行病學的原則，不得檢出檢疫傳染病或監測傳染病的病原體。
五、實施衛生除害處理要求
（一）所用藥物必須經過檢驗檢疫機構認證，具有科學、安全、高效等優點。
（二）要有專門從事衛生除害處理工作的技術人員，嚴格按照規程實施。
（三）采用先進的衛生除害處理設備，科學計量。
（四）做好衛生除害處理的效果檢測和效果評價記錄。
六、實施衛生除害處理應注意的有關事項
（一）防止對任何人的健康造成危害。
（二）防止對交通工具的結構和設備造成損害。
（三）防止發生火災。
（四）防止對行李、貨物發生損害。