辦理轉關運輸手續時，申請人應向海關如實申報，并遞交下列單證。
(1)進口轉關應向進境地海關填報《中華人民共和國海關進口轉關運輸貨物申報單》(以下簡稱“申報單”)一式三份(國際鐵路聯運貨物為貨車裝載清單三份)，并交驗有關證件和貨運單證。申請辦理屬于需申領進口許可證的轉關運輸貨物，應事先向指運地海關交驗進口許可證，經審核后由指運地海關核發進口轉關運輸貨物聯系單并封交申請人帶交進境地海關。另外，申請人或承運人應當負責將進境地海關簽發的關封，完整、及時地帶交指運地海關，并在海關規定的期限內辦理進口手續。空運轉關運輸貨物的指運地與國際運單的目的地相同的可免填“申報單”，由海關在運單上加蓋“海關監管貨物”印章。
(2)出口轉關應向啟運地海關填報《中華人民共和國海關出口轉關運輸貨物申報單》一式兩份和《中華人民共和國海關出口貨物報關單》辦理報關納稅手續，出境地海關在貨物出口后按規定向啟運地海關退寄回執。