對加工區(qū)運往區(qū)外的貨物，海關按照對進口貨物的有關規(guī)定辦理報關手續(xù)，并按照制成品征稅。如屬許可證件管理商品，還應向海關出具有效的進口許可證件。
區(qū)內(nèi)企業(yè)的加工產(chǎn)品和在加工生產(chǎn)過程中產(chǎn)生的邊角料、殘次品、廢品等應復運出境。因特殊情況需要運往區(qū)外時，由企業(yè)申請，經(jīng)主管海關核準后，按內(nèi)銷時的狀態(tài)確定歸類并征稅。如屬進口許可證件管理商品，免領進口許可證件。如屬《限制進口類可用作原料的廢物目錄》所列商品，應按現(xiàn)行規(guī)定向環(huán)保部門申領進口許可證件。對無商業(yè)價值的邊角料和廢品，需運往區(qū)外銷毀的，應憑加工區(qū)管理委員會和環(huán)保部門的批件，向主管海關辦理出區(qū)手續(xù)，海關予以免進口許可證件、免稅。
區(qū)內(nèi)企業(yè)在確有需要時，可將有關模具、半成品等運往區(qū)外進行加工。經(jīng)加工區(qū)主管海關關長批準，由接受委托的區(qū)外企業(yè)向加工區(qū)主管海關繳納貨物應征關稅和進口環(huán)節(jié)增值稅等值保證金或保函后辦理出區(qū)手續(xù)。
委托區(qū)外企業(yè)加工的期限由加工區(qū)主管海關參照合同期限核定。貨物加工完畢后應按期運回區(qū)內(nèi)。區(qū)內(nèi)企業(yè)憑出區(qū)時填寫的委托區(qū)外加工申請書及有關單證，向加工區(qū)主管海關辦理驗放核銷手續(xù)。加工區(qū)主管海關在辦理驗放核銷手續(xù)后，應及時退還保證金或保函。
區(qū)內(nèi)企業(yè)銷往區(qū)外的機器、設備、模具等，按照國家現(xiàn)行進口政策及有關規(guī)定辦理。
區(qū)內(nèi)企業(yè)經(jīng)主管海關批準，可在區(qū)外進行產(chǎn)品的測試、檢驗和展示活動。測試、檢驗和展示的產(chǎn)品，應比照海關對暫時進口貨物的管理規(guī)定辦理出區(qū)手續(xù)。
區(qū)內(nèi)使用的機器、設備、模具和辦公用品等，須運往區(qū)外進行維修、測試或檢驗時，區(qū)內(nèi)企業(yè)或管理機構應填寫《出口加工區(qū)貨物運往區(qū)外維修查驗聯(lián)系單》，向主管海關提出申請，并經(jīng)主管海關核準、登記、查驗后，方可將機器、設備、模具和辦公用品等運往區(qū)外維修、測試或檢驗。
區(qū)內(nèi)企業(yè)將模具運往區(qū)外維修、測試或檢驗時，應留存模具所生產(chǎn)產(chǎn)品的樣品，以備海關對運回區(qū)內(nèi)的模具進行核查。
運往區(qū)外維修、測試或檢驗的機器、設備、模具和辦公用品等，不得用于區(qū)外加工生產(chǎn)和使用。
運往區(qū)外維修、測試或檢驗的機器、設備、模具和辦公用品等，應自運出之日起2個月內(nèi)運回加工區(qū)。因特殊情況不能如期運回的，區(qū)內(nèi)企業(yè)應于期限屆滿前7天內(nèi)，向主管海關說明情況，并申請延期。申請延期以1次為限，延長期限不得超過1個月。
運往區(qū)外維修的機器、設備、模具和辦公用品等，運回區(qū)內(nèi)時，要以海關能辨認其為原物或同一規(guī)格的新零件、配件或附件為限，但更換新零件、配件或附件的，原零件、配件或附件應一并運回區(qū)內(nèi)。
從區(qū)外進入加工區(qū)的貨物視同出口，辦理出口報關手續(xù)。其出口退稅，除法律、法規(guī)另有規(guī)定外，按照以下規(guī)定辦理：(一)從區(qū)外進入加工區(qū)供區(qū)內(nèi)企業(yè)使用的國產(chǎn)機器、設備、原材料、零部件、元器件、包裝物料以及建造基礎設施、加工企業(yè)和行政管理部門生產(chǎn)、辦公用房所需合理數(shù)量的基建物資等，海關按照對出口貨物的有關規(guī)定辦理報關手續(xù)，并簽發(fā)出口退稅報關單。區(qū)外企業(yè)憑報關單出口退稅聯(lián)向稅務部門申請辦理出口退(免)稅手續(xù)，具體退(免)稅管理辦法由國家稅務總局另行下達。
(二)從區(qū)外進入加工區(qū)供區(qū)內(nèi)企業(yè)和行政管理機構使用的生活消費用品、交通運輸工具等，海關不予簽發(fā)出口退稅報關單。
(三)從區(qū)外進入加工區(qū)的進口機器、設備、原材料、零部件、元器件、包裝物料、基建物資等，區(qū)外企業(yè)應當向海關提供上述貨物或物品的清單，并辦理出口報關手續(xù)，經(jīng)海關查驗后放行。上述貨物或物品，已經(jīng)繳納的進口環(huán)節(jié)稅，不予退還。
(四)因國內(nèi)技術無法達到產(chǎn)品要求、須將國家禁止出口或統(tǒng)一經(jīng)營商品運至加工區(qū)內(nèi)進行某項工序加工的，應報經(jīng)商務部批準，海關比照出料加工管理辦法進行監(jiān)管，其運入加工區(qū)的貨物，不予簽發(fā)出口退稅報關單。
從區(qū)外進入加工區(qū)的貨物、物品，應運入加工區(qū)內(nèi)海關指定倉庫或地點，區(qū)外企業(yè)填寫出口報關單，并持境內(nèi)購貨發(fā)票、裝箱單，向加工區(qū)的主管海關辦理報關手續(xù)。
從區(qū)外進入加工區(qū)的貨物，須經(jīng)區(qū)內(nèi)企業(yè)進行實質(zhì)性加工后，方可運出境外。