一、企業申請注冊所需資料
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企業申請自理報關注冊登記時，填寫《自理報關注冊登記申請書》，提交以下文件：
(1)國務院、各部、委、局、省級人民政府及其授權部門批準成立企業的批文(正本)，外商投資企業另要提供《中華人民共和國外商投資企業批準證書》復印件1份；
(2)工商行政管理部門核發的《營業執照》復印件1份；
(3)經貿主管部門或其授權部門核發的關于對合同、章程的批復(復印件)1份；
(4)企業合同、章程、可行性報告復印件各1份；
(5)銀行出具的開戶證明(正本)；
(6)企業財務資料：財務會計制度、與進出口業務有關的帳簿設置情況、財會機構負責人或主管人名單等；
(7)報關專用章印模及報關員簽字或印章；
(8)《企業情況登記表》、《企業管理人員情況表》、《報關員情況登記表》各1份(向報關行領取)；
(9)海關需要的其他文件。
（二）代理報關企業注冊
企業申請代理報關注冊登記時，填寫《代理報關注冊登記申請書》，提交以下文件：
(1)國務院、各部、委、局、省級人民政府及其授權部門批準成立企業的批文(正本)，外商投資企業另要提供《中華人民共和國外商投資企業批準證書》復印件1份；
(2)工商行政管理部門核發的《營業執照》復印件1份；
(3)經貿主管部門或其授權部門核發的關于對合同、章程的批復(復印件)1份；
(4)企業章程、可行性報告復印件各1份；
(5)銀行出具的開戶證明(正本)；
(6)企業財務資料：財務會計制度、與進出口業務有關的帳簿設置情況、財會機構負責人或主管人名單等；
(7)報關專用章印模及報關員簽字或印章；
(8)《企業情況登記表》、《企業管理人員情況表》、《報關員情況登記表》各1份(向報關行領取)；
(9)國務院主管部門批準經營國際貨運代理、國際運輸工具代理業務的文件(復印件)；
(10)會計師事務所出具的驗資報告；
(11)海關需要的其他文件。
(三)專業報關企業注冊
企業申請專業報關注冊登記時，向海關提交工商行政管理機關簽發的《企業名稱預先核準通知書》、企業的書面申請報告、企業上級主管部門的批準文件、可行性研究報告、專業報關企業章程等文件，由海關報總署審批，待總署批準后，再提交以下文件：
(1)專業報關企業注冊登記申請書；
(2)海關總署的批準文件；
(3)工商行政管理機關核發的《營業執照副本》復印件；
(4)驗資報告及開戶銀行證明；
(5)法定代表人及主管報關業務的負責人和報關員的姓名、聯系電話、身份證號碼；
(6)專業報關企業印章及報關專用章印模；
(7)《企業情況登記表》、《企業管理人員情況表》、《報關員情況登記表》(向報關行領取)；
(8)海關認為需要的其他文件。
二、審批發證
海關審批同意企業注冊登記的申請后，在《本地新企業登記簿》上登記企業基本情況，并將企業的有關資料錄入企業數據庫，按企業性質歸檔，向企業發放《報關注冊登記證明書》，收取注冊手續費。
三、企業變更
已注冊的企業如發生企業法人代表、注冊資金等變更事項的，應向海關提交企業變更資料，注冊資金金額變更較大，應提交企業驗資報告，海關更改《報關注冊登記證明書》上的有關內容或重新核發《報關注冊登記證明書》，修改企業檔案數據庫中相應的內容。
更改企業性質、企業名稱等涉及到要改變企業編碼的，企業應向海關提交企業變更后的《營業執照》和與變更事項有關的其他文件，重新辦理注冊登記。
四、企業年審
在我關注冊的各類企業，應于每年4月30日前辦理年審手續。外商投資企業到各聯合年檢辦公室辦理；非外商投資企業直接到備案管理科辦理；當年度辦理注冊登記的，可不參加當年度的年審；備案企業的年審憑主管地海關的有效證件和企業底帳聯網核查結果辦理。
辦理外商投資企業年審時向海關提交如下文件：
(1)《報關注冊登記證明書》正本；
(2)《聯合年審報告書》(工商局提供)；
(3)《外商投資企業進出口報關業務情況表》(海關提供)；
(4)上一年度各類報關業務報表及會計師事務所的審計報告。
辦理非外商投資企業年審時向海關提交如下文件：
(1)《報關注冊登記證明書》正本；
(2)《海關注冊企業年審報告書》(海關提供)；
(3)上一年度各類報關業務報表及會計師事務所的審計報告。
(4)《進出口企業資格證書》；
(5)《工商營業執照》。
海關審核企業年審有關文件，審核通過的，海關應在《報關注冊登記證明書》年審欄內加注年審意見及加蓋“海關注冊備案專用章”后，將《證明書》退還企業。
異地報關備案企業來我關年審的，企業提交《報關備案登記證明書》正本辦理年審手續，海關收取主管地海關發放的《報關注冊登記證明書》復印件并審核企業底帳的有關資料。
在我關注冊的企業，需去異地年審的，由企業直接持備案地海關核發的《報關備案證明書》正本及主管海關已年審的《報關注冊證明書》復印件到備案地海關辦理。
五、分類管理
申請調整分類等級的企業向海關提交以下文件：
(1)企業自我評估報告；
(2)經外經貿部門加注意見的企業申請報告；
(3)有效的《營業執照》復印件l份；
(4)《報關注冊登記證明書》復印件1份；
(5)上年度財務報表及會計師事務所審計報告；
(6)《進出口企業狀況調查表》。
海關在收取上述文件后，調閱企業有關檔案資料，了解企業的該年度實際進出口情況，審核確定企業分類結果，海關根據企業分類等級給予相應的通關待遇。
在日常管理中，企業如有違法違規情事，海關可隨時根據情節輕重下調企業分類等級，重新確定企業類別。
六、異地備案
湛江關區的自理報關企業申請到外地辦理備案手續的，由監管處備案管理科辦理；對代理、專業報關企業的申請，由監管處備案管理科受理并提出初審意見報處轉呈總署審批；對茂 名、徐聞關所屬企業由茂名、徐聞關備案管理部門辦理。
對異地企業來湛江備案的，由監管處備案管理科辦理。
條企業在辦理異地備案時提交如下文件：
1．《自理報關備案申請書》一式二份；
2．《企業情況登記表》；
3．《自理報關單位注冊登記證明書》復印件一份；
4，報關專用章印模及報關員簽字。
對代理、專業報關企業應加收海關總署批準異地報關備案的批文復印件一份。
經審核符合備案要求的，對到外關區備案的自理報關企業，海關在一式兩聯的《報關備案申請書》“主管海關意見”欄上加蓋“注冊備案專用章”后隨附有關文件一并制作關封，交由企業帶給備案地海關辦理備案登記，并在《自理報關注冊登記證明書》正本“備案情況”欄上批注備案海關名稱、日期及經辦關員姓名后加蓋“注冊備案專用章”退還企業。