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一、腌制腐乳：豆腐坯加水煮沸后，加鹽腌制，裝壇加入輔料，發酵成腐乳。特點：豆腐坯不經發酵直接裝壇，進行后發酵，依靠輔料中帶入的微生物而成熟。其缺點是蛋白酶不足，后期發酵時間長，氨基酸含量低，色香味欠佳。
二、毛霉腐乳：以豆腐坯培養毛霉，使白色菌絲長滿豆腐胚表面，形成堅韌皮膜，積累蛋白酶，為腌制裝壇后期發酵創造條件。毛霉最適生長溫度為16℃，只能在氣溫較低的冬季生產毛霉腐乳。傳統工藝利用空氣中的毛霉菌，自然接種，需培養10-15天。人工接種純種毛霉菌，在15-20℃的條件下培養2-3天即可。
三、根霉型腐乳：采用耐高溫的根霉菌，經純菌培養，人工接種，在夏季高溫季節也能生產腐乳。但根霉菌生產的腐乳，其形狀、色澤、風味及質量都不如毛霉腐乳。
四、混合菌種型腐乳：結合以上各種優缺點，用毛霉和根霉以7:3的比例混合菌種釀制豆腐乳，不但可以增加其風味，還可以減少輔料中的白酒用量，降低成本。
