青貯飼料開窖后，如果利用不好，常出現第二次發酵，使青貯飼料腐敗變質。其原因是在有氧條件下，由酵母菌和霉菌作用發生的一種腐敗現象。所以隔絕空氣，創造缺氧的條件，是防止青貯飼料腐敗變質的有效措施。 　　
　　 青貯飼料的含水量應控制在65-70%（凡鍘碎的青貯飼料握在手中，從指縫中見到水珠但不下滴為含水量適中）。要將青貯飼料徹底粉碎，長度以3-5厘米為宜。青貯時要盡量踩實，減少空間，減少氧氣，使青貯飼料在密閉、杜絕空氣的情況下發酵，有利于乳酸菌生長。 　　
　　 大容積青貯窖啟用時，每次取青貯飼料要快速作業，一般不超過30分鐘，取完立即封閉窖口，并用重物壓緊，防止空氣進入窖內。 　　
　　 最好隨喂隨取，盡量不要取出過多，以免暴露在空氣中時間過長發生腐敗變質。 　　
　　 飼養量少的專業戶，可實行袋裝青貯，每袋以貯200公斤左右為宜，取用靈活方便，可防止飼料腐敗變質。 　　
　　 為防止頻繁啟窖，也可一次多取一些，吃不完的可晾曬，干青貯仍有青貯的水果酸甜香味，適口性仍很好。 　　
　　 甲醛（0.7%）、乙酸（0.3-0.5%）、丙酸（0.25-0.4%）均有抑制微生物活動的作用。因此，對已進入空氣尚未腐敗變質的青貯飼料，噴灑上述藥品，有防止第二次發酵的作用。