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多序列比對在分子生物學中是一個基本方法，用來發現特征序列，進行蛋白分類，證明序列間的同源性，幫助預測新序列二級結構與三級結構，確定PCR 引物，以及在分子進化分析方面均有很大幫助，Clustal W(Dos版本)很適合這些方面的要求，Clustal X是window版本。
用Clustal比對后的序列，有時候我們需要轉為圖片放在文章作詳細方析，但大部分人的方法都是直接截圖，這樣的后果就是圖片一點都不美觀。如果你是想要發表文章或其它比較重要的用途，圖片的質量還是需要高一點的。
今天教大家如何把ClustalX的結果轉為漂亮的圖片的方法，你可以根據需要設置每一行顯示的字母數，是黑白的還是彩色的，夠酷吧。先來看個效果圖吧。
這里需要用到兩個軟件 ，一個是Clustal X，這個就不用說了。這時相信你已經有了clusalX序列比對后的結果，有兩個文件，一個是.aln文件，存放多序列比對的結果。一個是.dnd文件，根據需要，可以轉為系統發育樹圖，這個就不在今天的教程內了，有需要以后可以講，-:)。
現在重點講另一個軟件 ，DnaMan。DNAMAN美國Lynnon Biosoft公司開發的高度集成化的分子生物學應用軟件，幾乎可完成所有日常核酸和蛋白質序列分析工作，包換多重序列對齊、PCR引物設計、限制性酶切分析、蛋白質分析、質粒繪圖等�？赏@里下載：
http://www.pharmnet.com.cn/conf/rjsj /action.cgi?f=page_1_&t=page_1_&id=98227
1，打開DnaMan,依次打開“文件/打開指定的/多重比對”，載入Clustal X比對后的.aln文件
2，點擊options，參數設置，在這里，你可以設置每行顯示的序列，是否顯示一致序列，彩色或黑白等。
3，點擊Output,輸出為圖形文件，這樣子就大功告成了，如果還不滿意，可以在參數設置進行微調，直到你滿意為止。這里需要注意，每次輸出圖片都要命名為不同的文件名，好象不會覆蓋，這個比較奇怪。深色部分表示完全匹配的堿基，淺色為部分匹配。
