Actinobacillus　　放線桿菌屬
Actinobacillus actinomycetemcomitans　伴放線菌放線桿菌
Actinomyces　　放線菌屬
Actinomyces georgiae　喬格放線菌
Actinomyces gerencseria　杰銳斯放線菌
Actinomyces israelii　衣氏放線菌
Actinomyces naeslundii　內氏放線菌
Actinomyces odontolyticus　溶齒放線菌
Actinomyces viscosus　粘性放線菌
Bacteroides　　擬桿菌屬
Bacteria　細菌
Bacteroides capillosus　多毛擬桿菌
Bacteroides distasonis　狄氏擬桿菌
Bacteroides forsythus　福氏擬桿菌
Bacteroides fragilis　脆弱擬桿菌
Bacteroides ovatus　卵形擬桿菌
Bacteroides thetaiotaomicron　多形擬桿菌
Bacteroides ureolyticus　解脲擬桿菌
Bacteroides vulgatus　普通擬桿菌
Bifidobacterium　　雙歧桿菌屬
Bifidobacterium adolesentis　青春雙歧桿菌
Bifidobacterium bifidum　分叉雙歧桿菌
Bifidobacterium breve　短雙歧桿菌
Bifidobacterium denticola　棲牙雙歧桿菌
Bifidobacterium dentum　齒雙歧桿菌
Bifidobacterium eriksonii　艾氏雙歧桿菌
Bifidobacterium infantis　嬰兒雙歧桿菌
Bifidobacterium inopinatium　殊形雙歧桿菌
Bifidobacterium longum　長雙歧桿菌
Branhamella　　布蘭漢氏菌屬
Branhamella catarrhalis　粘膜炎布蘭漢氏球菌（卡他布蘭漢氏菌）
Branhamella caviae　豚鼠布蘭漢氏菌
Branhamella cuniculi　兔布蘭漢氏菌
Campylobacter　　彎曲菌屬
Campylobacter concisus　簡明彎曲菌
Campylobacter curvus　曲形彎曲菌
Campylobacter gracilis　纖細彎曲菌
Campylobacter rectus　直腸彎曲菌
Campylobacter showae　昭和彎曲菌
Campylobacter sputorum　生痰彎曲菌
Campylobacter succinogenes　　產琥珀酸彎曲菌
Capnocytophaga　　二氧化碳噬纖維菌屬
Capnocytophaga gingivalis　牙齦二氧化碳噬纖維菌
Capnocytophaga granulosa　顆粒二氧化碳噬纖維菌
Capnocytophaga haemolytica　溶血二氧化碳噬纖維菌
Capnocytophaga ochracea　黃褐二氧化碳噬纖維菌
Capnocytophaga sputigena　生痰二氧化碳噬纖維菌
Clostridium　　梭菌屬（梭狀芽胞桿菌屬）
Clostridium botulinum　肉毒梭菌
Clostridium difficile　艱難梭菌（難辨梭菌）
Clostridium perfringens　產氣莢膜梭菌
Clostridium tetani　破傷風梭菌
Corynebacterium　　棒桿菌屬
Corynebacterium diphtheriae　白喉棒桿菌
Corynebacterium maturchotii　馬氏棒桿菌
Corynebacterium ulcerans　潰瘍棒桿菌
Eikenella　　艾肯菌屬
Eikenella corrodens　侵蝕艾肯菌
Escherichi　　埃希菌屬
Escherichia coli　大腸埃希菌（大腸桿菌）
Eubacterium　　優桿菌屬（真桿菌屬）
Eubacterium alactolyticum　解優桿菌
Eubacterium brachy　短優桿菌
Eubacterium lentum　遲緩優桿菌
Eubacterium minutum　小優桿菌
Eubacterium nodatum　纏結優桿菌
Eubacterium saburreum　砂優桿菌
Eubacterium saphenus　藏匿優桿菌
Eubacterium timidum　膽怯優桿菌
Eubacterium yurii　尤里優桿菌
Fusobacterium　　梭桿菌屬
Fusobacterium alocis　齦溝梭桿菌
Fusobacterium nucleatum　具核梭桿菌
Fusobacterium periodonticum　牙周梭桿菌
Fusobactorium sulci　齦溝跡梭桿菌
Haemophilus　　嗜血菌屬
Haemophilus aphrophilus　嗜沫嗜血菌
Haemophilus hemolyticus　溶血嗜血菌
Haemophilus influenae　副流感嗜血菌
Haemophilus parahemolyticus　副溶血嗜血菌
Haemophilus parainfluenzae　流感嗜血菌
Haemophilus paraphrophilus　副嗜沫嗜血菌
Helicobacter　　螺桿菌屬
Helicobacter pylori　幽門螺桿菌
Kingella　　金氏菌屬
Kingella denitrificans　反硝化金氏菌
Kingella orale　口腔金氏菌
Lactobacillus　　乳桿菌屬
Lactobacillus acidophius　嗜酸乳桿菌
Lactobacillus brevis　短乳桿菌
Lactobacillus buchneri　布氏乳桿菌
Lactobacillus casei　干酪乳桿菌
Lactobacillus cellobiosas　纖維二糖乳桿菌
Lactobacillus delbrueckii　德氏乳桿菌
Lactobacillus fermentum　發酵乳桿菌
Lactobacillus oris　口乳桿菌
Lactobacillus plantarum　植物乳桿菌
Lactobacillus rimae　齦溝乳桿菌
Lactobacillus salivarius　唾液乳桿菌
Lactobacillus uli　齦乳桿菌
Leptotrichia　　纖毛菌屬
Leptotrichia buccalis　頰纖毛菌
Leptotrichia dentium　齒纖毛菌
Micrococcus　　微球菌屬
Mitsuokella　　光崗菌屬
Mitsuokella dentalis　齒光崗菌
Mycobacterium　　分枝桿菌屬
Mycobacterium bovis　牛分枝桿菌
Mycobacterium leprae　麻風分枝桿菌
Mycobacterium tuberculosis　結核分枝桿菌
Neisseria　　奈瑟菌屬
Neisseria flava　黃奈瑟菌
Neisseria gonorrhoeae　淋病奈瑟菌
Neisseria meningitidis　腦膜炎奈瑟菌
Neisseria mucosa　粘液奈瑟菌
Neisseria sicca　干燥奈瑟菌
Neisseria subflava　微黃奈瑟菌
Peptostreptococcus　消化鏈球菌屬
Peptostreptococcus anaerobius　厭氧消化鏈球菌
Peptostreptococcus asaccharolyticus　不解糖消化鏈球菌
Peptostreptococcus lanceolatus　矛形消化鏈球菌
Peptostreptococcus magnus　大消化鏈球菌
Peptostreptococcus micros　微小消化鏈球菌
Peptostreptococcus parvalus　小消化鏈球菌
Peptostreptococcus prevotii　普氏消化鏈球菌
Peptostreptococcus productus　產生消化鏈球菌
Peptostreptococcus taetradius　四聯消化鏈球菌
Porphyromonas　　卟啉單胞菌屬
Porphyromonas asaccharolytica　不解糖卟啉單胞菌
Porphyromonas circumdentaria　齒周卟啉單胞菌
Porphyromonas endodontalis　牙髓卟啉單胞菌
Porphyromonas gingivalis　牙齦卟啉單胞菌
Porphyromonas levii　利氏卟啉單胞菌
Porphyromonas salivosa　唾液卟啉單胞菌
Prevotella　　普氏菌屬
Prevotella bivia　二路普氏菌
Prevotella buccae　頰普氏菌
Prevotella buccalis　口頰普氏菌
Prevotella corporis　人體普氏菌
Prevotella denticola　棲牙普氏菌
Prevotella heparinolytica　解肝素普氏菌
Prevotella intermedia　中間普氏菌
Prevotella loescheii　洛氏普氏菌
Prevotella melaninogenica　產黑普氏菌
Prevotella nigrescens　變黑普氏菌
Prevotella oralis　口腔普氏菌
Prevotella oris口普氏菌
Prevotella oulorum　齦炎普氏菌
Prevotella veroralis　真口普氏菌
Prevotella zoogleoformans　動膠普氏菌
Propionibacterium　　丙酸桿菌屬
Propionibacterium acnes　瘡皰丙酸桿菌
Propionibacterium avidum　貪婪丙酸桿菌
Propionibacterium freudenreichii　費氏丙酸桿菌
Propionibacterium granulosum　顆粒丙酸狀菌
Propionibacterium jensenii　詹氏丙酸桿菌
Propionibacterium propionicum　丙酸丙酸桿菌
Proteus　　變形桿菌屬
Proteus mirabilis　奇異變形桿菌
Proteus vulgaris　普通變形桿菌
Rothia　　羅氏菌屬
Rothia dentocariosa　齲齒羅氏菌
Selenomonas　　新月形單胞菌屬
Selenomonas artemidis　蛛形新月形單胞菌
Selenomonas dianae　月神新月形單胞菌
Selenomonas flueggei　福氏新月形單胞菌
Selenomonas infelix　損傷新月形單胞菌
Selenomonas noxia　有害新月形單胞菌
Selenomonas sputigena　生痰新月形單胞菌
Staphylococcus　　葡萄球菌屬
Staphylococcus aureus　金黃色葡萄球菌
Staphylococcus capitis　頭葡萄球菌
Staphylococcus epidermidis　表皮葡萄球菌
Staphylococcus saccharolyticus　解糖葡萄球菌
Staphylococcus salivarius　唾液葡萄球菌
Staphylococcus saprophyticus　腐生葡萄球菌
Staphylococcus schleiferi　施氏葡萄球菌
Stomatoccus　　口腔球菌屬
Stomatoccus mucilaginosus　粘滑口腔球菌
Streptococcus　　鏈球菌屬
Intermedius streptococci　　中間鏈球菌群
Streptococcus anginosus　咽峽炎鏈球菌
Streptococcus constellatus　星群鏈球菌
Streptococcus intermedius　中間鏈球菌
Mutans streptococci　　變形鏈球菌群
Streptococcus cricetus　倉鼠鏈球菌
Streptococcus downei　汗毛鏈球菌
Streptococcus ferus　野鼠鏈球菌
Streptococcus macacae　獼猴鏈環菌
Streptococcus mutans　變形鏈球菌
Streptococcus rattus　大鼠鏈球菌
Streptococcus sobrinus　遠緣鏈球菌
Oralis streptococci　　口腔鏈球菌群
Streptococcus crista　嵴鏈球菌
Streptococcus gordonii　格登鏈球菌
Streptococcus mitis　輕鏈球菌
Streptococcus oralis　口腔鏈球菌
Streptococcus parasanguis　副血鏈球菌
Streptococcus sanguis　血鏈球菌
Pyogenic hemolytic streptococci　　化膿性溶血性鏈球菌群
Streptococcus pneumoniae　肺炎鏈球菌
Streptococcus pyogenes　釀膿鏈球菌
Salivarius streptococci　　唾液鏈球菌群
Streptococcus salivarius　唾液鏈球菌
Streptococcus vestibularis　前庭鏈球菌
Treponemas　　密螺旋體屬
Treponemas denticola　棲牙密螺旋體
Treponemas maltophilum　嗜麥芽糖密螺旋體
Treponemas medium　中間密螺旋體
Treponemas pallidum　蒼白密螺旋體
Treponemas pectinovorum　食果膠密螺旋體
Treponemas phagedenis　潰蝕齒密螺旋體
Treponemas socranskii　索氏密螺旋體
Treponemas scaliodontium　曲齒密螺旋體
Treponemas vicentii　文森密螺旋體
Veillonella韋榮菌屬
Veillonella alcalescens　產堿韋榮菌
Veillonella atypica　非典型韋榮菌
Veillonella dispar　殊異韋榮菌
Veillonella parvula　小韋榮菌
Veillonella ratti　大鼠韋榮菌
Vibrios　　弧菌屬
Vibrios cholera　霍亂弧菌
Vibrios parahaemolyticus　副溶血霍亂弧菌
Wolinella　　沃廉菌屬
Wolinella succinogenes　產琥珀酸沃廉菌
Fungi　真菌
Candida　　念珠菌屬
Candida albicans　白色念珠菌
Candida krusei　克柔念珠菌
Candida pseudotropicalis　偽熱帶念珠菌
Candida stellatoidea　類星形念珠菌
Candida tropicalis　熱帶念珠菌
Cryptococcus　　隱球菌屬
Cryptococcus neoformans　新型隱球菌
Yeasts　　酵母菌
Virus　病毒
ademovirus　腺病毒
cytomegalovirus（CMV）　巨細胞病毒
Epstein-Barr virus（EBV）　EB病毒
herpes simplex virus（HSV）　單純皰疹病毒
herpesvirus　皰疹病毒
human immunodeficiency virus（HIV）　人類免疫缺陷病毒
human papillomavirus　人類乳頭瘤病毒
influenze virus　流行性感冒病毒
measles virus　麻疹病毒
mumps virus　流行性腮腺炎病毒
parainfluenza virus　副流感病毒
varicella-zoster virus（VZV）　水痘-帶狀皰疹病毒
Chlamydiae　衣原體
Chlalmydia pneumoniae　肺炎衣原體
Chlalmydia psittaci　鸚鵡衣原體
Mycoplasmas　枝原體
Mycoplasmas hominis　人型枝原體
Mycoplasmas orale　口腔枝原體
Mycoplasma pneumoniae　肺炎枝原體
Mycoplasma salivarium　唾液枝原體
Ureaplasma urealyticum　解脲脲原體
Rickettsia　立克次體
Coxiella　　柯克斯體屬
Rickettsia　　立克次體屬